Cơ cấu tổ chức của Đoàn trường Đại học Kỹ Thuật Công Nghệ TP.HCM bao gồm ban chấp hành Đoàn trường, 11 Đoàn khoa cơ sở, 02 chi đoàn trực thuộc, 01 câu lạc bộ hiếu học và 09 câu lạc bộ học thuật:

I. CÁC ĐOÀN KHOA CƠ SỞ:

1. ĐOÀN KHOA QUẢN TRỊ KINH DOANH

2. ĐOÀN KHOA MÔI TRƯỜNG VÀ CÔNG NGHỆ SINH HỌC

3. ĐOÀN KHOA KẾ TOÁN - TÀI CHÍNH - NGÂN HÀNG

4. ĐOÀN KHOA CƠ - ĐIỆN - ĐIỆN TỬ

5. ĐOÀN KHOA CÔNG NGHỆ THÔNG TIN

6. ĐOÀN KHOA CÔNG NGHỆ THỰC PHẨM

7. ĐOÀN KHOA TRUNG CẤP

8. ĐOÀN KHOA XÂY DỰNG

9. ĐOÀN KHOA MỸ THUẬT CÔNG NGHIỆP

10. ĐOÀN KHOA TIẾNG ANH

11. ĐOÀN KHOA CAO ĐẲNG THỰC HÀNH

II. CÁC CHI ĐOÀN CƠ SỞ TRỰC THUỘC

1. CHI ĐOÀN CÁN BỘ

2. CHI ĐOÀN GIẢNG VIÊN

III. 5 BAN HOẠT ĐỘNG

1. BAN TUYÊN GIÁO

2. BAN VĂN PHÒNG

3. BAN KIỂM TRA

4. BAN HOẠT ĐỘNG

5. BAN HỌC TẬP VÀ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC